常见问题解答

Perl相关库的安装
建议使用conda安装，
conda install -c bioconda perl-xml-sax

GPU没有调用，某些动态链接库没有找到

配置cuda路径:

export LD_LIBRARY_PATH =$LD_LIBRARY_PATH:/opt/pkgs/cuda/cublas/lib64:/opt/pkgs/cuda/cuda-toolkit/lib64

平台cuda版本是什么？

当前安装的cuda版本是10.1。
编译/运算出现MemoryError/segmentation fault、cannot allocate memory等错误

检查是否在登陆节点（workstation）进行编译/运算，如果是运行salloc到分配的计算节点进行编译/运算。
修改.bashrc导致终端命令不能执行

在命令界面写入系统命令的PATH，然后编辑。或者在本地写好bashrc上传到自己目录下。
公共集群上slurm上提交任务后状态显示PD，是什么意思？

显示PD即在排队等待资源。
Xshell等终端软件无法登录集群，一直显示拒绝密码

将密码重置为复杂度高的密码即可。
自己安装软件显示权限不足

修改-prefix等安装路径选项，修改到自己目录下。
Python3无法使用

配置conda环境后即可使用conda带的python3版本。
sbatch报错error: Invalid directive found in batch

检查sbatch脚本，是否有参数书写错误。
Java相关软件的安装

直接安装在自己的路径下。
Gcc编译g++: error: unrecognized command line option ‘-m64’

检查当前是否在ARM平台，如果在ARM平台可以切换到cpu平台再编译。
校外如何SSH远程访问?

登陆学校VPN主页，选择老版vpn登陆，然后再登陆系统。
如何切换GCC的版本?

使用module switch将当前版本切换为需要的版本，具体语法见module使用文档。
拥有多个实例时，实例存储空间共享吗?

在一个项目里的多个实例存储空间是共享的，不同项目下的实例则路径不同。具体参见文件传输
在windows里面编辑的Gaussion输入文件，注意不要使用windows路径符号如d:\，在Linux运行会报错
常见的undefined reference to问题解决办法
- 目标文件缺失：当进行可执行程序链接时，链接命令中找不到某个函数所在源代码的目标文件***.o，出现undefined reference to ***错误。
  
  解决办法：找到需要的目标文件***.o，然后将其添加到链接命令中，解决问题。
- 库文件缺失：当进行可执行程序链接时，链接命令中找不到某个库函数所在的库文件，出现undefined reference to ***错误。
  
  解决办法：找到需要的库文件，然后将其绝对路径使用-L和-l添加到链接命令中，解决问题。
- 多个库文件连接顺序：当进行可执行程序链接时，所需目标文件和库文件均齐全，但由于链接顺序问题，出现库文件依赖报错，从而同样会出现undefined reference to ***错误。
  
  解决办法：在链接命令中给出所依赖的库时，需要注意库之间的依赖顺序，依赖其他库的库一定要放到被依赖库的前面，避免undefined reference的错误，完成编译链接。
- C++代码链接C库文件：若库文件或目标文件由C代码生成的，则在 c++代码中链接目标函数时，也会碰到undefined reference的问题。
  
  解决办法：由于 C++代码调用C语言库的函数，链接目标文件时候找不到，出现undefined reference to ***错误。只需在调用C语言库函数的源码文件中，把与C语言库相关的头文件包含添加一个extern "C"的声明即可。