NAMD

应用介绍

NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。

NAMD可以使用多种方式计算。GPU加速效果显著，因此推荐使用GPU进行计算。

使用指南

使用NAMD需要在用户目录下创建data文件路径:

mkdir NAMD_data

在该路径下放置NAMD运行所需要的输入文件及配置文件。然后创建作业脚本。

以下示例为申请一个节点，每个节点4张GPU

 1#!/bin/bash
 2#SBATCH --nodes=1
 3#SBATCH --job-name="namd_gpu_gzr"
 4#SBATCH --output=4CPU4GPU.file
 5#SBATCH --ntasks-per-node=4
 6#SBATCH --gres=gpu:4
 7#SBATCH --partition=gpu2
 8
 9source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 2>/dev/null
10
11/opt/app/NAMD/2.14b1_gpu/namd2 ./namd2 +p 40 +devices 0,1，2，3 /home/Yourfile/GPU/5vaiG/24CPU/24CPU2GPU/100ps/5vai-G_popcwieq-04_100ps.conf

最后一行指定namd2路径，++ppn指定cpu核数，..5vai-G_popcwieq-04_100ps.conf是模拟配置文件。

参考作业提交，用sbatch提交作业脚本。

常见问题