AlphaFold2

应用介绍

AlphaFold2 是一种蛋白质预测工具，通过结合基于蛋白质结构的进化、物理和几何约束，开发了新型神经网络架构和训练方法，大大提高了结构预测的准确性，

使用指南

$ vim ~/.bashrc

export PATH="/opt/app/conda/bin:$PATH"

$ source ~/.bashrc

$ source activate af2

$ cp /opt/app/alphafold/main.zip ~

$ cd ~

$ unzip main.zip

$ cd alphafold-main

$ mkdir out

$ vim run_alphafold.py

/opt/app/alphafold/alphafold-main/scripts

/alphafold-main/out

：wq

$ vim query.fasta

可以前往uniprot数据库下载自己感兴趣的序列制作fasta文件。可以直接在搜索框中键入自己感兴趣的基因名称进行搜索。

>sp|P68431|H31_HUMAN Histone H3.1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=H3C1 PE=1 SV=2
MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTE
LLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTI
MPKDIQLARRIRGERA

得到类似上面的文件提交任务即可

$ python3 run_alphafold.py --fasta_paths=query.fasta --max_template_date=2020-05-14 --output_dir=xxxx()