parabricks

应用介绍

Parabricks是一个基因组分析软件套件。它大大缩短了基因组学中常见分析任务的吞吐量时间，包括种系和体细胞分析。Parbaricks软件的核心是它的数据管道，它获取原始数据并根据用户的需求进行转换。

平台已安装GPU版的parabricks，在/opt/app/下，可以直接使用。 具体包含工具名单可参考官方使用手册： https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/3.7.0/SoftwareOverview.html#software-tools

使用指南

parabricks的作业提交脚本在/opt/app/parabricks/pb.sh, 以下为脚本内容示例：

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
    #SBATCH --job-name="pbrun"
    #SBATCH --ntasks-per-node=20
    #SBATCH --partition=gpu1
    #SBATCH --gres=gpu:2

    ./pbrun fq2bam \
            --ref parabricks_sample/Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
            --in-fq parabricks_sample/Data/sample_1.fq.gz parabricks_sample/Data/sample_2.fq.gz \
            --out-bam output.bam