VASP全称Vienna Ab-initio Simulation
Package,是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。
VASP可以使用CPU集群来多节点运行,也可以使用GPU集群使用专业显卡加速计算。
平台安装有CPU版和GPU版,安装路径分别为/opt/app/vasp/5.4.4
和/opt/app/vasp/5.4.4_gpu/
。
Attention
在私有实例中的VASP只能单机运行,集群中的VASP可以通过Slurm提交作业并行运行。
VASP可能会有多种配置,比如GPU版本或CPU版本,请根据自己所需申请。
如果是CPU版本,输入如下命令运行:
$ /opt/app/vasp/5.4.4/vasp_std
如果是GPU版本,输入如下命令运行:
$ opt/app/vasp/5.4.4_gpu/vasp_std
集群提交需要用到Slurm。Slurm的使用和各参数说明请参见该指南。
使用VASP需要先创建VASP的输入文件路径:
mkdir vasp_data && cd
然后将运行VASP所需的文件上传至该路径下,并在该路径下创建sbatch脚本。
CPU版的多节点脚本作业示例内容如下:
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --job-name="vasp_cpu "
#SBATCH --output=./vasp_data/myout.file
#SBATCH --ntasks-per-node=3
module load app/vasp/5.4.4/cpu
cd ~/vasp_data
mpirun vasp_std
GPU版的多节点脚本作业示例内容如下:
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --job-name="vasp_gpu "
#SBATCH --output=./vasp_data/myout.file
#SBATCH --ntasks-per-node=3
#SBATCH --gres=gpu:2
module load app/vasp/5.4.4/gpu
cd ~/vasp_data
mpirun vasp_gpu
选择其中一种方式在对应的集群中提交作业,作业执行结束后,可在数据路径下查看输出。