GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。
Gromacs可以使用CPU和GPU来进行计算，在使用GPU时，单GPU卡的运行效率最高，因此建议使用单卡资源池的GPU进行运算。
平台安装有CPU版和GPU版，安装路径分别为/opt/app/gromacs/2019.3和/opt/app/gromacs/2019.3_gpu。
在私有实例中的Gromacs只能单机运行，集群中的Gromacs可以通过Slurm提交作业并行运行。
Gromacs可能会有多种配置，比如GPU版本或CPU版本，请根据自己所需申请。
启动完毕后点击“控制台”进入终端。
如果是CPU版本，输入如下命令运行：
$ /opt/app/gromacs/2019.3/bin/gmx_mpi
如果是GPU版本，输入如下命令运行：
$ /opt/app/gromacs/2019.3_gpu/bin/gmx_mpi
集群提交需要用到Slurm。Slurm的使用和各参数说明请参见该指南。
vim gromacs_job.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --gres=gpu:1
INPUT=bench_gpu.tpr
OUTPUT=bench_gpu.log
module load app/gromacs/2019.3/gpu
gmx_mpi mdrun -nt ${SLURM_CPUS_PER_TASK} -s ${INPUT} -g ${OUTPUT}
以上脚本示范为GPU版本。
sbatch提交脚本。$ sbatch gromacs_gpu.sh