AlphaFolder2
是一种蛋白质预测工具，通过结合基于蛋白质结构的进化、物理和几何约束，开发了新型神经网络架构和训练方法，大大提高了结构预测的准确性，
配置环境变量
打开配置文件
$ vim ~/.bashrc
在文件中添加如下内容
export PATH="/opt/app/conda/bin:$PATH"
激活配置
$ source ~/.bashrc
激活conda环境
$ source activate af2
测试conda环境
$ python3
>>> import tensorflow
不报错，即正常。
输入exit()退出python。
拷贝/alphafold目录下的main.zip到家目录并解压
$ cp /opt/app/alphafold/main.zip ~
$ cd ~
$ unzip main.zip
$ cd alphafold-main
创建输出目录
$ mkdir out
修改.py中的数据路径
$ vim run_alphafold.py
修改DOWNLOAD_DIR为/opt/app/alphafold/alphafold-main/scripts
修改output_dir为~/alphafold-main/out
保存并退出:wq
创建fasta文件保存要预测的蛋白质结构的序列
$ vim query.fasta
写入fasta序列
运行run_alphafold.py
$ python3 run_alphafold.py --fasta_paths=query.fasta --max_template_date=2020-05-14